Prof. Bernhard Klapprott studierte in Köln und Amsterdam Cembalo bei Hugo Ruf und Bob van Asperen, Orgel bei Michael Schneider und Ewald Kooiman, Kirchenmusik sowie in regelmäßigen Meisterkursen Generalbass bei Jesper Christensen und Orgel bei Michael Radulescu.

Er konzertiert international als Cembalist, Clavichordist, Organist und Ensembleleiter. Seine Diskographie dokumentiert größtenteils originale Tasteninstrumente aus dem 17. und 18. Jahrhundert und umfasst u.a. sämtliche Clavierwerke von Tomkins (Cembalo, Virginal, Orgel), Sonaten von Benda (Clavichord), Süddeutsche Claviermusik um 1600 (Clavicytherium), J.S. Bach Concerti für 3 und 4 Cembali mit Melante Amsterdam, Teil der Gesamteinspielung an Orgeln A. und J.A. Silbermanns, Englische Suiten (in Vorbereitung). Mehrere seiner CD-Veröffentlichungen wurden mit dem Preis der Deutschen Schallplattenkritik und dem ECHO Klassik ausgezeichnet.

Ein weiterer Schwerpunkt liegt auf der Wiederentdeckung und Aufführung unbekannter Kirchenmusik des 17. und 18. Jahrhunderts, insbesondere aus Mitteldeutschland.  Mit dem von ihm und Christoph Dittmar gegründeten Ensemble Cantus Thuringia & Capella legte er eine Reihe von CD-Ersteinspielungen vor mit Kantaten, Passionen und Oratorien von Rothe, Zachow, Keiser, Händel, Kellner, Gebel d.J. und C.Ph.E. Bach. Zudem war er musikalischer Leiter mehrerer Produktionen von Bühnenwerken, die in historischer Schauspielkunst aufgeführt wurden.

Bernhard Klapprott lehrt seit 1994 als Professor an der Hochschule für Musik FRANZ LISZT Weimar Cembalo / Historische Tasteninstrumente und Basso continuo am Institut für Alte Musik. Seine Lehrtätigkeit führte ihn außerdem an die Hochschule für Künste Bremen (1994 bis 2001), die Universität Dortmund, die Hochschulen für Musik Detmold und Herford sowie zu Meisterkursen und Gastvorträgen in Europa und den USA (Juilliard/NY, Eastman/Rochester, Boston University, Oberlin Conservatory). Er veröffentlichte Beiträge zu aufführungspraktischen Themen, insbesondere das Clavichord betreffend.

Neben seiner Beschäftigung mit Alter Musik hat er mehrere Werke komponiert; eine Komposition für zwei Cembali erschien bei Bärenreiter (Reihe zeitgenössischer Musik). Seit 2024 ist er Künstlerischer Leiter der internationalen Sommerkonzerte an der bedeutenden Orgel von Gerhard von Holy (1711) in der St. Bartholomäuskirche Dornum (Ostfriesland). 1991 wurde er mit dem 1. Preis beim 10. Internationalen Orgelwettbewerb (Bach/Mozart) des Festivals van Vlaanderen Brugge ausgezeichnet.